Em 2000, Eliane Aquino Custódio se mudou para Aracaju e trouxe consigo o trabalho social da Missão Criança, uma ONG de Brasília que promovia a defesa e a inclusão social de crianças e adolescentes, bem como de suas famílias. Com o apoio do UNICEF, Aquino assumiu a presidência da ONG em 2001, que mais tarde se tornou o Instituto Recriando. Seu trabalho social, voltado principalmente para crianças e famílias em situação de vulnerabilidade social, ganhou grande reconhecimento em todo o estado de Sergipe.
Coordenação de Gabinete Integrado e Secretaria de Estado
Durante a primeira eleição de Marcelo Déda Chagas para o governo de Sergipe em 2006, Aquino deixou o Instituto Recriando para coordenar um Gabinete Integrado. O objetivo era promover a articulação das Secretarias de Estado em uma abordagem interdisciplinar e desenvolver projetos focados na promoção da inclusão social. Em 2010, na segunda gestão do governador Marcelo Déda, assumiu a Secretaria de Estado da Inclusão, Assistência e do Desenvolvimento Social, cargo que ocupou até janeiro de 2015.
Instituto Marcelo Déda e Carreira Política
Após o falecimento de Marcelo Déda em dezembro de 2013, Aquino, atendendo ao desejo dele, fundou o Instituto Marcelo Déda em abril de 2014 e o presidiu até junho de 2016, quando se afastou para se concentrar na campanha eleitoral. Em outubro do mesmo ano, foi eleita vice-prefeita de Aracaju e, em 2 de janeiro de 2017, assumiu como Secretária Municipal de Inclusão e Assistência Social. Em julho de 2018, anunciou sua candidatura a vice-governadora de Sergipe. Venceu a eleição e tomou posse em 1º de janeiro de 2019.
Deputada Federal
Em 2022, Aquino avançou em sua carreira política ao ser eleita suplente de deputada federal pelo PT em Sergipe, com 66.072 votos. Suas experiências anteriores na administração pública e no trabalho social, sem dúvida, foram fatores determinantes para a confiança do eleitorado em sua capacidade de representar o povo sergipano no Congresso Nacional.