Nascido no Rio de Janeiro, em 16 de março de 1951, filho de Joseph Wagner e Cypa Perla Wagner, imigrantes judeus poloneses. Estudou sete anos (1962–1968) no Colégio Militar do Rio de Janeiro. É casado com Maria de Fátima Carneiro de Mendonça, tem três filhos e um enteado.
Seu envolvimento na política se inicia a partir de 1969 no movimento estudantil, quando ingressou no diretório acadêmico da Faculdade de Engenharia Civil da Pontifícia Universidade Católica (PUC-RJ). Entretanto, em 1973 abandona o curso de engenharia e sai do Rio de Janeiro temendo ser preso pelos órgãos repressivos da ditadura. Jaques Wagner então ficou um breve período no Estado de Minas Gerais antes de se mudar em definitivo para a Bahia, próximo do Subúrbio Ferroviário de Salvador, onde ingressaria na indústria petroquímica no polo de Camaçari, na região metropolitana da capital, onde se tornou técnico em manutenção. Começou a atuar no Sindicato dos Trabalhadores da Indústria Petroquímica (Sindiquímica-BA), do qual foi diretor e presidente. Conheceu Luís Inácio Lula da Silva em um congresso de petroleiros e em 1980 ajudou a fundar o Partido dos Trabalhadores (PT) e a Central Única dos Trabalhadores (CUT) no Estado da Bahia e foi o primeiro presidente de ambas no Estado.
Filiado ao partido desde então, Jaques Wagner foi eleito deputado federal em 1990, sendo reeleito em 1994 e 1998. Depois de três mandatos como deputado, concorreu a prefeitura de Camaçari e ao governo da Bahia em 2000 e 2002 respectivamente, e em ambos foi derrotado. Então, foi convidado por Lula para a função de Ministro do Trabalho e posteriormente, em 2005, tornou-se ministro das Relações Institucionais, assumindo a coordenação política do governo e suas relações com o Congresso Nacional. Ainda comandou a Secretaria Especial do Conselho de Desenvolvimento Econômico e Social da Presidência da República.
Jaques Wagner foi eleito governador do estado, em outubro de 2006, apoiado por uma coligação formada pelo PT, PV, PPS, PCdoB, PTB, PMN e PMDB. A coligação não teve candidato a senador, mas apoiou informalmente o ex-governador João Durval Carneiro, eleito pelo PDT. Apesar de as pesquisas indicarem uma vitória no primeiro turno e com ampla vantagem do seu adversário e predecessor no cargo, Paulo Souto, Jaques venceu com 52,89% dos votos válidos, num total de 3.242.336 votos impondo a mais contundente derrota à hegemonia do carlismo nas eleições da Bahia em décadas. Muitos acreditam que a vitória de Wagner se deveu ao alinhamento com o presidente Lula. A vitória de Jaques Wagner foi apontada pela imprensa nacional como o fim do carlismo, ou seja, da forte influência do ex-governador Antônio Carlos Magalhães (ACM) na estrutura de governo do estado da Bahia. O próprio Jaques Wagner tratou de explicar, numa entrevista concedida à revista Caros Amigos, que sua vitória não foi surpresa para ele, uma vez que o grupo liderado pelo senador Antônio Carlos Magalhães arregimentava sempre cerca de 30 por cento dos votos em todas as eleições. Em dezembro de 2006, seguindo o modelo do governo Lula, Wagner anunciou que pretende ter sob sua responsabilidade direta a administração dos recursos financeiros estaduais destinados a ações sociais.
Em 2010, Jaques foi reeleito governador da Bahia, em primeiro turno, com 63,83% dos votos válidos.
Uma das obras mais elogiadas da gestão Wagner é o Hospital do Subúrbio. Inaugurado em 2010, no subúrbio da cidade de Salvador, foi o primeiro hospital do país a ser construído em parceria público-privada (PPP). Com um atendimento considerado de excelência, o centro de saúde realiza inúmeros procedimentos, tem equipamentos de ponta e é administrado pela iniciativa privada em um regime de concessão. Apesar do atendimento de excelência, principalmente em uma região pobre e periférica, o que não é usual na Bahia, o hospital ainda é uma obra criticada pelo fato de ter sido concedido. Opositores da política do governo acreditam que foi uma forma de privatização do setor da saúde. A instituição fica em um local não muito acessível e de difícil acesso, mas devido ao bom atendimento, tem sempre grande demanda.
Em 23 de dezembro de 2014, foi indicado para assumir o Ministério da Defesa em substituição ao ministro Celso Amorim, no segundo mandato do Governo Dilma Rousseff. Ficou até 2 de outubro de 2015 quando foi indicado para Casa Civil, como parte da reforma ministerial promovida pela presidente.
Em março de 2016, abriu mão do cargo de Ministro da Casa Civil em favor do ex-presidente Lula, sendo nomeado pela então Presidente Dilma para o recém criado cargo de Ministro Chefe do Gabinete Pessoal da Presidência da República. Permaneceu no cargo até o afastamento de Dilma da Presidência, em 12 de maio do mesmo ano.
Jaques Wagner em junho de 2018, foi lançado candidato a Senador pelo estado da Bahia, pelo Partido dos Trabalhadores na Bahia, e Wagner foi eleito com 4.253.231 de votos e 35,71% dos votos válidos.
