Em 2000, já morando em Aracaju, trouxe para a capital sergipana o trabalho social da Missão Criança, ONG que se destacava em Brasília na promoção de ações em defesa e inclusão social de crianças, adolescentes e suas famílias. Em 2001, com o apoio do Fundo das Nações Unidas para a Infância (UNICEF), Eliane Aquino passa a presidir a ONG Missão Criança Aracaju, que posteriormente tornou-se a OSCIP Instituto Recriando. Bastante reconhecido em todo o estado, seu trabalho social atendeu a milhares de meninos e meninas em situação de vulnerabilidade social, bem como suas famílias, a maior parte residente em áreas em situação de risco, com destaque para o bairro Santa Maria, então, Terra Dura.

Em 2006, durante a primeira eleição de Marcelo Déda Chagas ao Governo do Estado optou por afastar-se do Instituto e passou a assumir a coordenação de um Gabinete Integrado, que visava articular ações das Secretarias de Estado de modo interdisciplinar e desenvolver projetos focados na promoção da inclusão social. Em 2010, na segunda gestão do Governador Marcelo Déda, assumiu a Secretaria de Estado da Inclusão, Assistência e do Desenvolvimento Social, na qual permaneceu até janeiro de 2015. Após o falecimento de Marcelo Déda, em 02 de dezembro de 2013, ela atendeu ao desejo por ele manifestado e, junto a outros colaboradores, fundou o Instituto Marcelo Déda, em abril de 2014, e o presidiu até junho de 2016, quando se afastou devido à campanha eleitoral.

Em 30 de outubro, foi eleita vice-prefeita de Aracaju. No dia 02 de janeiro de 2017, tomou posse como Secretária Municipal de Inclusão e Assistência Social de Aracaju. Em 24 de julho de 2018 anunciou que se tornaria candidata a vice-governadora de Sergipe. Venceu o pleito eleitoral e foi empossada como vice-governadora em 01 de janeiro de 2019.