Clécio Luís Vilhena Vieira nasceu em Belém no dia 8 de abril de 1972, filho da professora Ana Lúcia Vieira.
Mudou-se ainda jovem para a capital amapaense e formou-se em geografia pela Universidade Federal do Amapá (Unifap), sendo também policial civil. Foi ainda líder comunitário, líder estudantil e militante do movimento sindical.
Em 1998, assumiu, aos 26 anos, a Secretaria Estadual de Educação, no governo de João Capiberibe (1995-2002) do Partido Socialista Brasileiro (PSB).
No ano de 2004, elegeu-se vereador de Macapá, na legenda do Partido dos Trabalhadores (PT). Deixou o PT no ano seguinte, no auge do escândalo do “mensalão”, e filiou-se posteriormente ao Partido Socialismo e Liberdade (PSOL), que ajudou a fundar no estado.
Em outubro de 2006, concorreu ao governo do Amapá, na legenda do PSOL, obtendo 9.008 votos, 3,02% do total.
No ano de 2008, foi reeleito vereador de Macapá, na legenda do PSOL.
Em outubro de 2012, tendo como bandeira o combate à desigualdade social, disputou a eleição para prefeito de Macapá, novamente pelo PSOL e dentro da coligação “Unidade Popular”, formada pelo Partido Comunista Brasileiro (PCB), Partido Popular Socialista (PPS), Partido Renovador Trabalhista Brasileiro (PRTB), Partido da Mobilização Nacional (PMN), Partido Trabalhista Cristão (PTC) e Partido Verde (PV). No primeiro turno, conquistou 27,89% dos votos, com 56.947 votos. No segundo turno, contando também com o apoio do PSB, venceu, em 28 de outubro, as eleições, superando seu adversário Roberto Góes do PDT. Com isso, tornou-se o primeiro prefeito de uma capital filiado ao PSOL, empossado no cargo em 1º de janeiro de 2013.
Ao longo de seu mandato, Clécio Luís adotou parcerias público-privadas (PPPs) na política de regularização fundiária, e estabeleceu cortes, nos marcos da Lei de Responsabilidade Fiscal, gerando críticas da esquerda, por contradizer bandeiras levantadas pelo PSOL. O prefeito, em entrevista à revista Carta Capital em maio de 2014, defendeu-se, argumentando que a realidade local e a dimensão muito diferente dos problemas encontrados entre a região e as cidades do Sudeste, levavam à opções diferenciadas, mas que apesar isso o programa do partido não era fundamentalmente posto em cheque. Outro traço da administração foi a implantação do Congresso do Povo, denominação local ao programa de orçamento participativo.
Nos meses de junho e julho de 2013, Clécio Luís lidou com os protestos que tomaram a capital, assim como grande parte do país, em decorrência do movimento contra a alta da tarifa dos transportes iniciado pelo Movimento Passe Livre (MPL). Diante dos protestos, o prefeito decretou a redução da tarifa, após reduzir impostos municipais às empresas de transporte de passageiros.
Em 2014, apoiou a reeleição de Camilo Capiberibe, do PSB, ao governo do estado do Amapá. O socialista, contudo, foi derrotado por Waldez Góes, primo de Roberto Góes. Após a eleição, Clécio defendeu que as diferenças partidárias não comprometessem os investimentos do estado na capital.
No mês de setembro de 2015, anunciou sua desfiliação do PSOL, declarando na ocasião que buscava soluções para os problemas encarados por ele na capital, e que dependiam de articulações com outras frentes políticas e o governo federal.
Em 14 de dezembro do mesmo ano, compareceu a Brasília, junto com outros prefeitos, para encontrar-se com a presidente da República Dilma Rousseff. A ideia era a de prestar solidariedade e entregar um manifesto de apoio dos prefeitos, num contexto em que Rousseff encontrava-se ameaçada de processo de impeachment pela oposição política à direita.
No dia 24 de março de 2016, seguindo os passos do aliado e senador Randolfe Rodrigues, filiou-se à Rede Sustentabilidade (REDE), partido idealizado pela ex-senadora Marina Silva.
No dia 5 de maio de 2016, o prefeito assinou documentos, juntamente com Sérgio Lopes, secretário extraordinário de Regularização Fundiária na Amazônia Legal do Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA), transferindo ao município de Macapá 166 hectares de terras urbanas localizadas em terras da União, como parte do programa do governo federal “Terra Legal Amazônia”. De acordo com Clécio Luís, o próximo passo seria o cadastramento das famílias e a regularização dos lotes existentes na área transferida, sobretudo daqueles que praticavam a agricultura familiar.
Disputou a reeleição municipal em 2016, obtendo apoio do Democratas (DEM), tendo como vice uma pessoa daquele partido, Telma Nery. Clécio justificou a aliança argumentando que a coligação era fruto de “uma circunstância específica” para marcar oposição ao governador Waldez Góes (PDT), aliado do ex-presidente José Sarney.
No dia 30 de outubro do mesmo ano, reelegeu-se prefeito de Macapá, na legenda da REDE e na coligação “Pra Macapá Seguir em Frente”, formada pela REDE, pelo DEM, pelo Partido Pátria Livre (PPL), pelo Partido Social Cristão (PSC), pelo Partido Trabalhista do Brasil (PT do B), pelo Partido da Social Democracia Brasileira (PSDB) e pelo Partido Comunista do Brasil (PC do B), obtendo 123.808 votos, cerca de 60,50% dos votos. No pleito, superou Gilvam Borges, do Partido do Movimento Democrático Brasileiro (PMDB). Tornou-se, assim, o primeiro prefeito de uma capital de estado pela REDE. Clécio afirmou que sua vitória era um recado do povo e definiu a saúde como área prioritária de sua nova gestão, iniciada formalmente em 1º de janeiro de 2017.
Em janeiro de 2017, o prefeito e o promotor Moisés Pereira (PEN), novo secretário de educação, anunciaram a implantação da escola integral em Macapá, com base primeiramente numa experiência-piloto em uma das escolas municipais.
Nas eleições municipais de 2016, Clécio Luís foi reeleito prefeito de Macapá no 2º turno. Ele obteve 123.808 votos, correspondendo a 60,50%, enquanto seu adversário, Gilvam Borges (PMDB), conquistou 80.840 votos (39,50%). Em 24 de agosto de 2020, Clécio anunciou sua desfiliação do partido Rede Sustentabilidade. Clécio e a Rede entraram em desacordo sobre a sucessão municipal. Clécio declarou apoio à candidatura de Josiel Alcolumbre (DEM) à prefeitura de Macapá. No entanto, o partido anunciou que em nota que não apoia o grupo formado em torno da candidatura do Democratas.
Foi candidato ao governo do Amapá nas eleições de 2022 pelo Solidariedade, sendo eleito com 222.168 votos no primeiro turno, o que corresponde a 53,69% dos votos válidos. No segundo turno, declarou apoio ao candidato à presidência do Partido dos Trabalhadores, Luiz Inácio Lula da Silva.
Tomou posse em 1° de janeiro de 2023 como o 9° governador do estado do Amapá.